Оказывается такое различие между буквами не у всех. Например в Грузинском и Иврите его нету. Про Иврит я даже наверное знал, но, опять-же, никогда не заострял на этом внимания.
В большинстве языков где различие существует, заглавные буквы появились первыми. Например, Римляне высекали их на камнях - там больше прямых линий, углов. Так и высекать легче, и на дереве вырезать. Потом, когда начали писать от руки чернилами, появилось новое написание - строчные буквы, они более плавные линии используют.
Долгое время писали или только теми или только другими - то есть весь текст мог быть большими буквами написан. Лишь в средние века в Латинских алфавитах начали смешивать буквы чтоб обозначать начало предложения.
Кстати ещё интересный фактоид: По-английски, заглавные буквы называются "upper-case", потому что в типографических цехах, эти реже-использованные буквы лежали на верхних полках куда надо было тянутся (в то время как маленькие - "lower-case" буквы были снизу, под рукой).